Oorspronkelijk doel onmogelijk geworden
Ten gevolge van de Reformatie wordt in 1582 het verbod afgekondigd van de openbare uitoefening van enig ander godsdienst dan de ‘ware Hervormde religie’, waardoor ook het doel van deze Stichting feitelijk onmogelijk wordt.
Sinds 1582, nieuwe doelstelling: ondersteuning studenten
Een Gelders plakkaat uit 1582 bepaalt dat in het vervolg het laten studeren van jongeren, om de kerk of staat te kunnen dienen, als de ware Christelijke bestemming van de vicariestichtingen (in Gelderland) wordt beschouwd.
In 1594 (en herhaaldelijk daarna) bevelen de Staten van Gelderland dat alle vicariestichtingen 1/3 deel van de inkomsten moeten uitkeren voor het onderhoud van kerk- en schooldienaren, in de gemeente waar de vicarie was gesticht.
Vanaf 1600 werd eigen beheer landgoed ontnomen om gewijzigde bestemming af te dwingen en 1/3 deel van de inkomsten achter gehouden
Omstreeks 1600 wordt het menens in Winterswijk en het beheer wordt Vicarie ontnomen. Bestuurder en begunstigde van de Vicarie maken daarom in 1601 bezwaar tegen confiscatie van de vicarie inkomsten door Gelre. Hij schrijft o.a: dat de landschrijver van Bredevoort Willem Wisselinck namens de Gedeputeeerde staten op basis van de Gelderse plakaten de inkomsten van de Vicarie heeft ingepikt:
Protestbrief van heer Herman van Basten aan de Gedeputeerden van het Kwartier van Zutphen, 1601.
Transcriptie: “An den Heren Gedeputierden der Graffschafft Zutphen.
Remonstrert unnd gifft mit aller behorlicher reverentie to erkennen her Herman van Basten, pastor tho Dinxperlo, watgestaltt in der kercken tho Winterswich doer die van Basten eine vicarie titulo Sancti Nicolai hirbevoren ist gefundiert unnd gestifftett wordenn, …, damit solde conferiert end begifftigt worden. Unnd wiewal die suppliant … possessor gewessenn, …so ist nachtans dat der landtschriver tho Bredefortt Willem Wisselinck uth speciale last van E.Ed.L. (alst he segtt) nicht allen vergangen jar alle die geringe pechten der vurss. vicarie geinnett unnd empfangen, maer oick dieselven dit jar 1601 verschinendt, totaliter an sijnen handen to leveren furdertt, sunder mij darvan etwas tokennen offte tokhomen to laeten.. … Demna versöckt die suppliant dat hett E.Ed.L. uth den vorallegierden well gefundierden rheden unnd motiven wil gelieven den landtschriver vurss. to bevehlen darmet hem die upkumpsten deses jars van die duckgemelte vicarie, sunder ennige insperrung muegen gefolgtt werdenn ….” (1601)Beperking tot hervormde studenten
In 1685 wordt door de Staten van het Kwartier van Zutphen een reglement voor de vicarieën afgekondigd. Daarin wordt gesteld dat de begunstigde Hervormd moet zijn en op een Hervormde onderwijsinstelling moet studeren, en worden de vorige bepalingen weer herhaald. Het herhalen van bepalingen wijst erop dat het gezag van de overheid indertijd met meer vrijmoedigheid werd bejegend.
Uit de praktijk blijkt dat tussen ca. 1600 en 1800 het merendeel van de begunstigden wel van Hervormde huize zijn, maar toch (soms ver) familieleden zijn. Soms lukt het collatoren overigens in die periode toch hun eigen (Rooms-katholieke) kinderen van de opbrengsten te laten genieten.
Het planten van de Vrijheidsboom in 1795 om het begin van de Bataafse Republiek te vieren door mannen die gekleed gingen als sans-culottes.
De Bataafse omwenteling bracht de oude vrijheden terug.
Ten gevolge van de Bataafse omwenteling (ten tijde van de Franse revolutie) wordt in 1798 voor het eerst weer een Rooms-katholieke student als begunstigde aangewezen door de collator van de Stichting.
Beeindiging afdracht aan overheid van 1/3 deel van de inkomsten in 1989
Pas bijna vierhonderd jaar later, in 1989, wordt de verplichte afdracht van 1/3 deel van de inkomsten aan de overheid afgekocht. Ook wordt het preventieve toezicht door de overheid op de Stichting afgeschaft en krijgt de Vicarie het beheer over haar eigen vermogen weer terug.